Jeunes pousses est né suite à la préoccupation de professionnels des milieux de la santé, de l'éducation et de l'agroalimentaire face à l'alimentation déficiente des jeunes québécois. En avril 2005, l'organisme s'incorpore à titre d'organisme sans but lucratif et obtient son statut d'organisation charitable de Revenu Canada et de Revenu Québec l'année suivante.
À l'hiver 2006, l'organisme met en œuvre son programme pilote Un trésor dans mon jardin dans trois écoles primaires et trois centres de la petite enfance de l'Estrie. Les interventions prennent place dans trois lieux stratégiques : la classe, la cafétéria et la communauté. En 2007, le nouveau projet Zoom sur les pratiques alimentaires vient mettre en lumière les initiatives de milieux communautaires, scolaires et services de garde à la petite enfance qui ont mis de l'avant des actions concrètes et novatrices pour promouvoir de saines habitudes alimentaires auprès des enfants de leur milieu.
Depuis novembre 2008, l'organisme développe son nouveau projet Du jardin à mon assiette, un univers virtuel sur le Web visant à informer et à sensibiliser les enfants de 6 à 12 ans engagés dans une démarche de jardinage et d'éveil sensoriel au goût. Cette ressource Web regroupera des contenus éducatifs riches en fonctions multimédia permettant aux élèves d'explorer l'univers des aliments et d'échanger sur leurs découvertes. La ressource Web sa été lancée en mai 2010, lors de la Session nationale des Établissements Verts Brundtland (EVB-CSQ) à Montréal.
Le 17 mars 2009, Jeunes pousses lance Plaisirs de la table, une ressource Internet dynamique pour améliorer l'offre alimentaire dédiées aux enfants. Plaisirs de la table est disponible en cliquant sur la page d'accueil du site Internet de l'organisme.